Se trata de una iglesia de una sola nave con cabecera recta. El edificio es de sillería y mampuestos y sería abovedado, con seguridad la cabecera. La nave está cerrada a los pies y el acceso de los fieles se realizaba por un pórtico al este.
Cuenta con un pórtico al oeste por el que entraban los religiosos y un espacio cerrado al este, posiblemente la sacristía. Ambos espacios hacen que el edificio tenga forma de cruz latina.
La nave de la iglesia estaba dividida en tres zonas : el ábside donde se encontraba el altar, lugar propio del celebrante; inmediato al ábside se encuentra el coro destinado a los religiosos; y separado del coro con una balaustrada estaba el espacio dedicado al público.
A pesar de haber sido fuertemente expoliado el edificio, se ha podido recuperar la decoración de la
iglesia, que estaba totalmente marmorizada.
Yacimiento de Los Hitos. Arisgotas (Orgaz). Planta de la iglesia- Foto Ayuntamiento de Orgaz
El conjunto palatino de los Hitos experimentó una importante ampliación, al rodearse de un conjunto edilicio que supera las dos hectáreas. En esta fase hay que encuadrar la construcción de la iglesia para un uso privado de los comitentes o promotores del espacio, también como espacio funerario propio, pero más restringido que el que existía en el espacio del palacio anexo.
En el centro de la nave se encuentra el sarcófago en que se enterró el dux que hizo la ampliación y construyó la iglesia. Los restos encontrados indican que se trataba de un varón de unos 70 años, con señales de haber cabalgado abundantemente: piernas arqueadas y marcas en los tobillos.
En uno de los ángulos de la nave se ha descubierto una tumba con los restos de nueve niños recién nacidos, a los que les ponían dentro de la tumba una olla pequeña con un siles y un pedernal para hacer fuego e iluminarse en el otro mundo.
Delante de la puerta norte por la que entraban los religiosos se encuentra un “enterramiento de humildad” , ubicado allí para ser pisado por todos los que entran y salen por esa puerta.
Producida la ocupación musulmana de las tierras toledanas, el edificio de la iglesia fue transformado en una pequeña mezquita rural, con la construcción de un mihrab adosado a la cabecera del templo. Este fenómeno debió producirse en un momento tardío, siglos X/XI. Se da la circunstancia de que la orientación de la iglesia coincide con la orientación hacia la Meca, requisito de a cumplir por las mezquitas.